智能卡的另一個缺點是并非所有智能卡讀卡器都兼容所有類型的智能卡。有多種類型的智能卡，有些使用非標準協議進行數據存儲和卡接口;一些智能卡和讀卡器也使用與其他讀卡器不兼容的專有軟件。
雖然智能卡對于許多應用程序來說可能更安全，但它們仍然容易受到某些類型的攻擊。可以通過智能卡技術從芯片恢復信息的攻擊。差分功率分析可用于推斷公鑰算法（如RSA）使用的片上私鑰。對稱密碼的一些實現也易受定時攻擊或差分功率分析的影響。還可以物理地拆卸智能卡以便訪問機載微芯片。
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